Die Einleitungen von gereinigtem Abwasser aus Kanälen und zentralen Kläranlagen der Wasserwerke Sonneberg in die Gewässer des Landkreises unterliegen einer eigenen und behördlichen Qualitätsüberwachung. Durch das betriebseigene Labor werden entsprechend den gesetzlichen Vorgaben Proben entnommen und auf abwasserrelevante Inhaltsstoffe analysiert. Untersucht werden die Restnährstofffrachten wie Phosphor und Stickstoff und die Kohlenstofffrachten wie biologischer und chemischer Sauerstoffbedarf (BSB und CSB).
Sämtliche Überwachungsparameter geben letztendlich Auskunft über die Reinigungsleistung der Kläranlagen in Bezug auf die organischen und anorganischen Inhaltsstoffe des Abwassers. Im Rahmen der Betreiberpflicht werden aus den zentralen Kläranlagen täglich – wie die Kläranlage Sonneberg – bis wöchentlich – wie die drei kleinen biologischen Kläranlagen – Proben von den einzelnen Verfahrensstufen entnommen und analysiert, um einen optimalen Reinigungsprozess sicherzustellen und den Nachweis zur Einhaltung der behördlichen Vorgaben zu erbringen. Ebenfalls werden die Ausläufe der Teilortskanalisation auf die Qualität der in die Vorfluter eingeleiteten Abwassermengen aus den angeschlossenen Grundstücken überprüft. Die o.g. Eigenkontrolle der WWS wird durch die staatliche Aufsichtsbehörde, die Thüringer Landesanstalt für Umwelt und Geologie, kontrolliert und überwacht. Die Gewerbe- und Industriebetriebe, d.h. das Gewerbe im Verbandsgebiet, sind in einem Indirekteinleiterkataster erfasst. Bei Betrieben mit relevanten Abwasseranfall werden in Abständen Abwasserproben entnommen, analysiert und mit den Grenzwerten der gesetzlichen Vorgaben verglichen.